Au début d'octobre, un nombre important (mais contesté par le Gouvernement tchadien) de militaires tchadiens a déserté et rejoint l'opposition avec son équipement.
Durant ce processus, 14 000 soldats formés par l'Éthiopie auraient déserté ou fait défection, généralement avec leurs armes et uniformes (voir la section IV C ci-après).
Les organismes partenaires de l'ONU ont soulevé la question des anciens enfants soldats qui ont été emprisonnés par les autorités nationales pour avoir déserté l'armée.