Dans le domaine de la génétique, le Programme spécial a fait porter ses efforts sur les recherches visant à mieux utiliser les informations sur le génome et à favoriser la découverte de nouveaux médicaments, vaccins et épreuves diagnostiques, la génomique fonctionnelle à partir du séquençage de l'Anopheles gambiae et les incidences éthiques, juridiques et sociales de l'utilisation potentielle de moustiques génétiquement modifiés pour lutter contre le paludisme.

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