La capacité d'emmagasinement calculée du système aquifère nubien, à la fois dans ses parties libre et non captive, à l'intérieur des quatre pays qui se le partagent, est de plus de 520 000 kilomètres cubes.
Dans la partie constituée par la nappe à surface libre du système aquifère nubien, la qualité de l'eau est bonne, voire excellente, dans l'ensemble de la zone.