Les ressources biologiques des monts sous-marins sont en outre potentiellement menacées par l'extraction des agrégats de ferromanganèse; les sources hydrothermales peuvent être endommagées par l'extraction des sulfures polymétalliques, les bactéries présentes dans les hydrates de gaz par l'activité extractive, et tous les organismes vivant sur le fond de l'océan ou sur les nodules polymétalliques par l'extraction de ces nodules.

海隆的生物资源也能受铁锰结壳开采的威胁，而热液能受多金物开采的破坏，气体水合物中的细菌受了采掘活动的损害。 在洋底或多金结核中发现的任何生物，都能因这些结核的开采而受损害。