La conservation des données biométriques comporte un certain nombre de risques, car, en général, les caractéristiques biométriques ne peuvent être contestées.
Dans un souci d'uniformité, il pourrait également être utile d'élaborer des lignes directrices internationales relatives à l'utilisation et à la gestion des méthodes biométriques.
L'exactitude des techniques biométriques ne peut être absolue, car les caractéristiques biologiques tendent par essence à être variables, et toute mesure peut comporter un écart.
Comme il a été indiqué plus haut, la fiabilité des preuves biométriques varie en fonction de la technologie utilisée et du taux de fausses acceptations choisi.
Lorsque des systèmes biométriques ont été compromis, l'utilisateur légitime n'a pas d'autre choix que d'abandonner les données d'identification et d'en adopter un autre ensemble, non compromis.
Pour tenir compte de ces variations, on peut jouer sur l'exactitude des données en fixant le seuil de correspondance entre le modèle de référence et l'échantillon prélevé.
Toutefois, en raison des caractéristiques inhérentes à la biométrie, la prudence est de mise face aux dangers d'un renforcement progressif et non contrôlé de son utilisation dans les opérations commerciales courantes.
Il faut toutefois examiner avec soin si de telles normes seraient ou non prématurées, compte tenu de l'état d'avancement actuel des technologies biométriques, et si elles risqueraient ou non d'en compromettre le développement continu.
Des experts donnent aux fonctionnaires de l'immigration chargés de statuer sur les demandes de protection au titre du statut de réfugié des avis consultatifs concernant les questionnaires, la biométrie et d'autres dispositifs de sécurité.