Les précipitations consistent essentiellement en des averses et des orages, et leur incidence varie énormément aussi bien dans le temps que dans l'espace.
La multiplication des tempêtes et des cyclones a eu pour effet d'intensifier l'érosion et les intrusions salines qui ont également affecté les cultures.
De surcroît, l'unité fluviale de la MINUS stationnée à Malakal a subi des dégâts considérables occasionnés par des orages au cours de la période considérée.